В последней стабильной версии Chrome (21), менять permissions для каждого сайта можно только через продвинутые настройки (Content settings), причем редактировать каждую опцию нужно по отдельности, и это не очень удобно.

В 23 версии это поменяют, и кликая на иконку сайта, все основные параметры можно будет изменить гораздо быстрее.
Всего можно заблокировать или разрешить 9 опций: